Церковь была построена по типовому проекту военных храмов, утверждённому Строительной комиссией в 1901 г. (арх. Фёдор Михайлович Вержбицкий). Всего в Российской Империи к 1917 г.было выстроено не менее 60-ти таких церквей. Первоначально в Чарджуе (с 1927 г. - Чарджоу,в 1999 г. переименованном в Туркменабад) в 1899 г. при Управлении Чарджуйского воинского начальника была выстроена небольшая деревянная Никольская церковь. В 1911 г., ввиду того, что этот храм пришёл в ветхость, Военным министерством было выделено 37000 рублей на построение новой одноимённой каменной церкви по ранее утверждённому образцу для 6-го Туркестанского стрелкового полка. При этом непосредственно из полковой казны на строительство было выделено ещё 8000 рублей. В 1912 г. церковь была построена и освящена. К ней была приписана небольшая часовня, находившаяся на местном кладбище. С 30 апреля 1911 г. священником этого полка являлся прот. Николай Георгиевич Высоцкий (сведения на 1913 г.). Церковь была закрыта в 1932 г. В конце 1930-х гг. были разобраны шатёр колокольни и глава, а в начале 1960-х - остатки колокольни. Впоследствии в ней располагался клуб воинской части 03345А. В марте 2000 г. здание было возвращено Русской Православной Церкви и с августа 2001 г. в нём начались регулярные Богослужения. В настоящее время приход этого храма, в котором продолжаются реставрационные работы, окормляет настоятель Петропавловской церкви Туркменабада иерей Андрей Кирьяков.
РГИА. ф.806, оп.11, д.368, лл.1-18. Клировая ведомость церкви за 1913 г.; Цитовичъ Г.А. Храмы Армiи и Флота. - Пятигорскъ, 1913, с.461; а также информация с официального сайта Ташкентской епархии http://www.pravoslavie.uz/turkmeniya.htm#turk