Впервые с. Дубна упоминается в писцовых книгах 1627-1628 гг. как Деревня Малые Дубенки. В 1704 г. стараниями владельца села В. И. Карачарова построена деревянная церковь в честь Владимирской иконы Божией Матери (освящена в 1706 г.). В 1810 г. рядом с деревянной церковью на средства помещика Акимова возвели каменный Владимирский храм. В новой церкви устроили теплый придел в честь Сретения Господня.
При последнем владельце имения статском советнике Д. Н. Зернове, который являлся профессором медицины и Ректором Московского университета, было выстроено земское училище и отремонтирована церковь. Д. Н. Зернов владел усадьбой с 1890 по 1917 г.
В 1936 г. церковь закрыли и уничтожили все внутреннее убранство, колокола Переплавили. С 1992 г. в храме начались восстановительные работы. Ныне он полностью отреставрирован.