История храма началась в 2004 году. Впервые об этом упоминается в репортаже о торжественном мероприятие, состоявшемся 4 марта 2004 года, на открытие монумента «Дружбы и согласия» на Мамайском перевале. Памятник был возведен по инициативе членов армянской диаспоры и русских энтузиастов строительства церквей и культурных центров. Монумент символизирует многовековую дружбу русского и армянского народов, является символом взаимопонимания, сотрудничества и единства всех национальностей, живущих в регионе.
На открытии состоялось освящение монумента. По благословению правящего архиерея Митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора рядом с памятником было решено возвести часовню в честь 40 мучеников Севастийских. Над проектом работал архитектор Ф.И. Афуксениди. Планируемая площадь часовни должна была составить примерно 30 квадратных метров, чтобы ее устройство позволяло проводить Божественную Литургию. На месте будущего строительства был воздвигнут символический крест.
Храм начал строиться в августе 2019 года, его открытие состоялось 2 августа 2020 года в день памяти пророка Божия Ильи.
http://sevastija.cerkov.ru/main-page/istoriya-xrama/