Храм с монастырем возник на предполагаемом месте палат Всеволода III. В 1389 г. в уставной грамоте Великого Князя Василия II Дмитриевича упоминается неизвестный Борисоглебский монастырь. По дозору Григория Житова 7128 (1620) г. «церковь въ Владимире свв. Мученикъ Бориса и Глеба внутри (въ) городе; дани съ нея было 15 алтынъ съ деньгою, да наместничьихъ и заезда гривна». В 1626 г. есть упоминание о храме в описной книге Владимирского Кремля: «храмъ Бориса и Глеба древянъ-клецки съ трапезою, а въ немъ двери царские и деисусы и образы и книги и свечи и сосуды церковные и колокола и всякое церковное строение мирское».
В 1672 г. Борисоглебская церковь, как видно из надписи на хранящемся в церкви напрестольном кресте, названа «ружною», т.е. бесприходной (это говорит о том, что прежде при ней был монастырь), «лета ЗРП (1672) году сiи зделанъ крестъ града Владимера въ ружноi церкви Бориса и Глеба». Вероятно, когда монастырь был упразднен, бывшие владения при нем поступили в ведение другого монастыря, как это нередко бывало, а церковь для содержания священно-церковно-служителей пользовалась от того монастыря «ругою». Руга – оклад денежный или хлебный, выдаваемый от Государя священно и церковно-служителям вместо жалованья годового за их службу. И церкви, в которых они служили, назывались «ружныя» для различия от приходских церквей, в которых причт состоит на содержании своих прихожан.
Духовенство церкви свв. Бориса и Глеба пользовалось особенным благоволением патриархов, как видно из книг ружных церквей. Так, по книге 7207 (1699) г. отмечено: «Троицкому, Вознесенскому и Борисоглебскому 3 попамъ по 25 алтынъ, на воскъ по 6 алтынъ по 4 деньги, попомъ же ржи по 2 чети съ осминою и по пол 2 четверика, овса по тому жъ человеку, да къ темъ же церквамъ на просфоры ржи пол чети и по пол. 2 четверика къ церкви, итого 3 чети пол 5 четверика по 2 алт. четь, итого 32 алтына 1 деньга».
В начале XVIII века Борисоглебская церковь значится уже приходской. В переписных книгах значится: "Въ кремле было въ то время 2 собора Успенский и Дмитриевский; одинъ мужеский монастырь Рождественский и въ кремле же 3 приходския церкви» (Троицкая, Никольская и Борисоглебская). При церкви св. благоверных князей Бориса и Глеба было в то время поповских, диаконских, дьячковских и пономарских дворов 3 и бобылей 1".
1 октября 1719 г. в 8 часов ночи во Владимире произошел пожар в «Царицыне слободе подле Земской избы и Гостина двора у вдовы Федосьи Тимофеевой дочери Леонтьевской жены Исаевской». Деревянная Борисоглебская церковь во время этого пожара сгорела вместе с другими церквями. В 1720 г. церкви Бориса и Глеба прихожанин Феодор Герасомов писал в патриарший казенный приказ, что 1 октября 1719 года приходская церковь во имя Бориса и Глеба сгорела, а ныне «тоежъ нашей приходской церкви прихожанинъ Григорий Мыльниковъ обещаетъ намъ жилые свои горницы на теплую церковь во имя Апостоловъ Петра и Павла, а надлежитъ къ темъ жилымъ горницамъ прирубить алтарь», на что он и просит соответствующее разрешение. 16 июня 1729 г. по этой челобитной был выдан указ, и теплая церковь во имя Апостолов Петра и Павла была выстроена на погорелом месте. По благословению Иосифа, архиепископа Московского и Владимирского, была выдана благословенная грамота в 1743 г. на построение Борисоглебской гор. Владимира церкви. В 1743 г. 13 мая указом из Московской духовной дикастерии велено было «вместо сгоревшей въ 1719 г. 1 окт. деревянной во имя благ. Князей Бориса и Глеба построить вновь каменную церковь во имя онаго же храма съ приделомъ Благовещения Пресвятыя Богородицы». В Топографическом описании провинциального города Владимира 1750 года указана церковь свв. великих князей Бориса и Глеба и при ней теплая церковь во имя свв. Апостолов Петра и Павла.
К 1755 г. постройка храма была завершена и 24 сентября 1755 г., по благословению Еп. Владимирского и Ярополчского Платона, Борисоглебский храм был освящен Цареконстантиновским архимандритом Товиею. Старая деревянная Борисоглебская церковь, по освящении новой каменной, была продана и перевезена в с. Брутовское, Владимирского уезда. Когда устроена колокольня, находившаяся при храме, неизвестно. По всей вероятности, одновременно с храмом.
Из «межевыхъ книгъ и плановъ» конца XVII века видно, что Борисоглебская церковь с давних пор владела значительным количеством земли. По плану от 4 сентября 1769 г., числится за церковью «пожня въ Ямскихъ дачахъ на 4 дес. 1698 кв. саж.», а по другому плану от 8 июня 1770 г. значится «усадебная земля за рекою Лыбедью на 968 кв. саж.»; но этой землей церковь не пользовалась, так как ею издавна завладели горожане.
В 1789 г., во время опустошительного июльского (28 числа) пожара во Владимире, церковь Борисоглебская во всех своих частях потерпела громадные повреждения. Повреждены были: крыша на храме, потолок пол окна, рамы, церковные двери; глава деревянная, опаянная белой жестью, все внутренние украшения и утварь. После пожара требовалось как сам храм, так и престолы с жертвенниками и иконостасами исправлять и освятить; взамен сгоревшей утвари – заводить новую. Но это было дело не легкое. Сами прихожане храма потерпели от пожара большое разорение. В 1789-1790 гг. некоторые разрушения от пожара были исправлены, но для всего исправления средств было недостаточно. Староста церкви – владимирский мещанин Павел Алексеевич сын Луковников обратился с прошением «о зборе на позлащение въ вышеписанной Борисоглебской церкви иконостаса и покрытие трапезной Благовещенской церкви, въ Суздальской епархии, отъ доброхотнодателей подаяния», на это прошение разрешение из Суздальской духовной консистории последовало только 17 февраля 1798 года. В это время на сумму доброхотных дателей и благодаря редкой щедрости прихожан был вызолочен в Борисоглебском храме трехъярусный столярной работы, с колоннами, иконостас, устроенный во вкусе времени Императрицы Екатерины II и имеющий весьма близкое сходство с иконостасом (в миниатюре) Владимирского Успенского собора.
При Борисоглебской церкви было кладбище, которое вместе с другими приходскими кладбищами гор. Владимира было закрыто после того, как для погребения умерших было отведено за городом особое место, на котором в 1785 г. была построена небольшая Князь Владимирская церковь с такой же колокольней. В 1887 г. при заложении нового придела во имя св. великомученицы Зинаиды с правой стороны Борисоглебской церкви, а также при постройке двух флигелей по обеим сторонам папертей в 1891 г. было отрыто много костей и черепов человеческих. В 1901 г., при устройстве духовой печи землекопами было вырыто на глубине 2-2,5 м. много гробов, в которых оказались черепа и человеческие кости.
Храм закрыли в конце 20-х гг. ХХ века, а затем снесли. На месте храма и кладбища в середине ХХ в. располагалась детская площадка.
