Духовная мужская семинария в собственном здании была открыта в 1874 году стараниями епископа Екатеринославского и Таганрогского Феодосия (Александр Григорьевич Макаревский). Епископ Феодосий умер в Екатеринославе и был похоронен в ограде Преображенского собора.
Здание семинарии начали строить в 1871 году по проекту архитектора К.Е. Лазарева на левой стороне Екатерининского проспекта, № 11 (пр. К. Маркса, № 35) между Семинарской улицей (ул. Клары Цеткин) и Гоголевской (ранее Волосская ул.). В последующие годы рядом с этим корпусом, во дворе, построили ещё одно большое здание для общежития семинаристов.
Семинария имела домовую Архистратиго-Михайловскую церковь и больницу на Семинарской улице, № 1. В советское время в здании больницы был Детский туберкулёзный санаторий.
Здания Духовной семинарии, сожжённые немецкими фашистами, восстановили. В них располагается Национальный университет. Здание санатория сохранилось, но принадлежит частному лицу.