Храм в честь Святителя Николая Чудотворца был возведен еще в конце XIX века в пригороде Екатеринодара, известном как Сады, при женской православной общине в честь Казанской иконы Божией Матери. Согласно архивным данным, храм назывался Николаевской церковью на Садах г. Екатеринодара. Имеется чертеж храма от 1925 года, выполненный И.К. Мальгербом. Последним настоятелем храма был протоиерей Пётр Мельников. Он и его супруга Анна подписали бланки с описью церковного имущества при изъятии их из храма. По свидетельствам местных жителей, настоятель прихода был расстрелян в этом же районе и сброшен в колодец. Церковь была ограблена и закрыта в 1920-х годах, перестроена под дом культуры, а после и вовсе разрушена в 1980-х годах.
В 2014 году на этом месте началось возведение нового храма Николая Чудотворца. 8 ноября 2015 г., в день памяти великомученика Димитрия Солунского, было совершенно торжественное освящение креста храма в честь Святителя Николая Чудотворца. Первая служба в храме состоялась 13 марта 2016 года. В 2018 году на территории храма была построена деревянная часовня-купель.