Церковь была построена в 1893-1894 годах в Джуно из местной древесины, местной рабочей силой и под наблюдением Эллингена и Рудольфа, местных подрядчиков. Для надзора за строительством была нанята местная строительная фирма, а работу выполняли многие из новообращённых православных туземцев и ряд сербских золотоискателей, проживавших в районе Джуно. Из России были присланы архитектурные чертежи, средства на строительство, предметы интерьера (включая иконостас) и шесть больших икон для фасада церкви. Иконостас был собран и установлен перед освящением храма. Иконостас - единственная сохранившаяся часть церковного здания, которая была сделана в России.
Строительство церкви представляло интерес не только для коренных аляскинцев, но и для местного американского населения. В октябре 1893 года местный врач из Джуно организовал сбор средств. В общей сложности 400 долларов было собрано на благотворительном маскараде в здании суда, где участники соревновались за призы, танцевали под оркестровую музыку и ели мороженое.
В июне 1894 г. военный корабль "Пинта" совершал плавание в Джуно. По приказу Военного министерства США командир "Пинты" должен был заехать в Ситку, взять на борт епископа Алеутского и Аляскинского, Его Преосвященство Николая с сопровождающими, и привезти их в Джуно для освящения алтаря и церкви Святого Николая. Вместе с освящением новой церкви во время архиерейской Божественной литургии 24 июня был рукоположен первый священник - местный житель, отец Иоанн Бартновский. Во время освящения у церкви ещё не было ни купола, ни колокольни. Характерный луковичный купол был построен и установлен в 1895 году, а колокол и колокольня были сделаны и установлены в 1905 или 1906 году. Надпись на колоколе указывает, что он был отлит в Санкт-Петербурге, Россия.
С 1894 года церковь находится в постоянном использовании, служа православным верующим Джуно и окрестностей. Церковь Святого Николая отличается тем, что является старейшим, постоянно используемым православным сооружением на юго-востоке Аляски.
Источник: сайт храма