Новый каменный храм основали в 1887 году по проекту епархиального архитектора В.Х. Немкина и строительство велось на протяжении 9 лет. Это было вызвано не только монументальностью задуманного и сложной узорчатой кирпичной кладкой. По одной версии, храм был заселен очень густо, но представителями иного вероисповедания, по другой - несмотря на то, что храм был центральным, большими собственными средствами он не обладал. Своей земли у него не было, прихожан было также немного: в начале XX в. их насчитывалось 169 мужчин и 203 женщины. Неприкосновенный капитал церкви составлял 200 рублей и проценты от него расходились на неугасимую лампаду перед образом святого Николая. Капитал причта (два священника и два псаломщика, работающих без жалования) исчислялся в 10 552 рубля. Церковным старостой на протяжении многих лет, начиная с 1889 г., состоял купец Иван Коваленко, которого за бескорыстные заслуги удостоили награды: серебряной медали на Анненской ленте.
Осенью 1896 г. октября 3-го дня, состоялось торжественное освящение нового храма. Помимо главного престола - Святителя Николая были освящены также правый придел в честь иконы Иверской Божией Матери и левый в честь Святого Ильи Пророка. Позднее (в цокольном зале) 20 февраля 1907 г. был освящен придел в честь Святого Феодора Тирона.
Высота храма с крестом достигала 47 м, а от старины в нём сохранился только колокол, отлитый в 1715 г. в Воронеже. Остальная церковная утварь была не старше 1830-1840 г.г. и состояла в основном из ценных даров верующих. В архитектуре храма слились воедино архитектура древнерусских и греческо - византийских храмов (напоминал древне - византийскую базилику). Церковь имела 5 основных куполов, кроме них в виде куполов и полукуполов завершались боковые входы и угловые часовни. В оформлении церкви широко исполнялся "кирпичный" узор, а выкрашена она была в светло-бежевые тона. Рядом с двухэтажными домами, располагавшимися вокруг храма в конце XIX века, он казался особенно грандиозным, но не утратил своего доминирующего положения и тогда, когда в начале XX в. вместо них выросли многоэтажные здания.
Буквально сразу же церковь Святителя Николая стала одним из любимых объектов для харьковских фотографов. Когда смотришь их фотографии, о храме создается впечатление (несмотря на его внушительный вид и массивность) воздушности и некоторой нереальности, так величественен он и прекрасен среди других зданий, стоящих рядом. Точно гость, заглянувший на мгновение из других времен, другого, более счастливого и совершенного мира. И действительно, жизнь Свято-Николаевского храма оказалась лишь мгновением. Ему суждено было погибнуть в столь юном возрасте (тридцать с небольшим лет), который даже по человеческим меркам считается почти детством.
Чудесный храм стоял в самом центре Харькова, на том самом месте, где еще не так давно ходили трамваи 5-го и 7-го маршрутов, поворачивая с пл. Тевелева-Конституции на ул. Немецкую - Пушкинскую.
Храм-мученик стал свидетелем всех этапов крушения православной монархии, утраты истинных духовных ориентиров и нравственности нескольких поколений. Весной 1917 г. прямо у его стен Харьковчане выражали бурные восторги по поводу падения царского режима. Вскоре в молодом советском государстве возникла Украинская Автокефальная Православная Церковь, независимая от Московского патриархата. Храм Святителя был передан ей примерно в 1918 г. (в некоторых источниках в марте 1922 г.) и получил новый статус Кафедрального Собора Харьковско-Полтавской епархии и стал резиденцией архиепископа Харьковского Александра (Ярещенко).
В конце 1920-х г.г. городские власти решили, что на месте Николаевского собора непременно должна быть проложена трамвайная линия. Маршрут трамвая вокруг собора был очень извилист и неудобен, шел по Петровскому переулку, "карабкался" по переулку Короленко, забегал на улицу Короленко. После ряда аварий на этом участке, в том числе с человеческой жертвой, власти города стали задумываться о изменении маршрута. Кто был последней инстанцией в вынесении смертного приговора храму, однозначно сказать сложно. За его уничтожение высказались многоопытные специалисты. Городские трамвайщики - управляющий Никитченко и инженер Подхалюдин - говорили , что это самый опасный участок. Вагоновожатый, мол, не мог видеть, что делается за углом, рельсы приходят в негодность через 2-2,5 года, т.к. узкий радиус закругления настолько усиливает трение, что вагон идя в этом месте режет стружку на рельсах. Кроме того, значительно, мол, изнашиваются бандажи в трамваях, плюс при движении (из-за узкого радиуса закругления) затрачивается вдвое больше электроэнергии и т.п. Все эти проблемы можно было решить одним махом - снести Николаевский собор.
В феврале 1930 г. секретариат постановил закрыть и разобрать Николаевский собор на площади Тевелева. Кирпич и другие строительные материалы планировалось пустить на строительство школ-семилеток. Точная дата взрыва не известна. Есть сведения, что 7 марта 1930 года комендант Харькова Петров официально предупредил горожан: "В связи с возможностью в ближайшее время разлива рек и заторов льда комиссия по борьбе с наводнением будет производить подрывы льда у мостов". Окна рекомендовали оставлять открытыми, а стекла оклеить бумагой. Неслучайно архитектор В.Х. Немкин за свои заслуги был награжден орденами Св. Анны и Св. Станислава 2-й и 3-й степени. Собор стоял как вкопанный на хорошем растворе и кирпиче. Опыта "диверсионных" работ против мощных культовых сооружений у подрывников было мало. Взрыв произвели неудачно, завалы пришлось мучительно разбирать ещё полгода.
Трамвайная линия проходила мимо собора с 1923 г. В 1928 г. ее перешили с 1000 мм на 1524 мм колею, после чего ее вполне могли оставить в таком состоянии до наших дней. На фотографии хорошо видно как трамвай проходит мимо храма. Но новая власть жаждала навести новые порядки, свои порядки - "…весь мир насилья мы разрушим до основанья, а затем…", жаждала жертвы и крови (невинной крови, разумеется). Свято - Николаевский собор, Мироносецкая церковь (погибла чуть ранее) и другие святыни при советской власти были обречены.
Вид руин храма Божьего вызывает ощущение, которое сложно передать… Это и шок, и ужас, и "… как - будто убили тебя, не его". На месте чудо - храма поставили будку с газированной водой - мотив сногсшибательный! А через священный алтарь пустили трамвайные рельсы…
Из предания церкви мы знаем, что при освящении церковного алтаря поставляется особый ангел, который навсегда остается на месте храма. Ангел Свято-Николаевского собора до века будет покрывать своими крылами место, где стояла святыня и возносить молитвы Милостивому Богу…
Газета "Панорама", №47 (202), ноябрь 1994 г.; Судьба Николаевской церкви” автор кандидат архитектуры А. Лейбфрейд; Газета "Слобода", №100 от 22 декабря 1998 г.; А.Хорошевский, "Свято-Николаевский собор"; Газета "Время", №15 (14489) от 6 октября 1998 г., "Трамвай или собор"; Газета "Вечерний Харьков", №82 (8882) от 30 июля 2005 г., "Византия в центре Харькова"; Газета "Вечерний Харьков", 1 августа 2007 г., "Снос Мироносецкой церкви и Николаевского собора: не обошлось без…"; Фларет, "Историко-статистическое описание Харьковской епархии"; Гусев А.Н., "Историко-справочный путеводитель. Харьков его прошлое и настоящее", 1902 г., Вечерский В.В., "Втраченi об’екти архiтектурноi спадщини", Украiна.- к.: НДIТIАМ, 2002 г.