Время постройки и древняя история Никольской церкви сегодня нам неизвестны. Осматривая в 1747 году храмы епархии, архимандрит Ярославского Спасского монастыря Иосиф засвидетельствовал, что "церковь Николая Чудотворца, что на Плесне, деревянная, в ней всё исправно, на оной церкви глава же из-за ветра листы ободрались. Вторая церковь Благовещения Богородицы деревянная с приделом Иоанна Предтечи ветхая, престол и утварь не вынесены". В 1760-е годы вместо ветхой деревянной Благовещенской церкви будет выстроена каменная церковь в тоже наименование, а история деревянного Никольского храма продолжится в XIX веке, когда, по мнению старожилов, его возраст приблизится к 300-летнему юбилею.
В марте 1853 года на имя архиепископа Ярославского и Ростовского Евгения подается прошение от священно и церковнослужителей, церковного старосты и приходских людей села Никольского, что на Плесне Романово-Борисоглебского уезда. В нем они сообщают, что в их селе имеются две церкви, одна из них каменная Благовещения Пресвятой Богородицы с теплым приделом Иоанна Предтечи, а вторая деревянная холодная во имя Святителя Николая, построена, когда и кем неизвестно. Так же они сообщают, что эта церковь "за неимением каменного фундамента, в некоторых местах начала приходить в ветхость, между тем как теплый придел в каменной церкви по большому количеству приходских душ весьма тесен". По этой причине "желают" они "деревянный древний наш храм, возобновить согласно наставления господина архитектора, а именно: подвесть каменный фундамент под всё здание церкви, внутри коей полы и прочие ветхости поправить и оштукатурить, а снаружи обить прежним здоровым тесом, престолы утвердить на каменных фундаментах, так как той церкви дерево в здании нисколько невредимо". Предполагалось также, "каменную церковь обратить в одну тёплую и внутри и снаружи поправить, а придел Иоанна Предтечи перенести из неё в деревянную, с устройством в деревянной второго подобного придела во имя апостолов Петра и Павла ". На проведение всех предполагаемых работ архитектором был составлен проект и смета, согласно которой, за исключением стоимости кирпича, требовалась сумма 1586 рублей серебром. В наличии при церкви имелось 1233 рубля серебром, из которых 1000 рублей была приобретена церковным старостой за счёт добровольных приношений прихожан. Недостающую часть денег староста церкви брал обязательство "дополнить из своей собственности". Просимое было дозволено Высокоприосвященнейшим Евгением и деревянный Никольский храм "как довольно обширный и поместительный" разрешено возобновить.
Согласно утвержденного проекту и сметы под деревянный сруб церкви был подведен кирпичный цоколь на булыжном фундаменте толщиной в два с половиной кирпича и высотой над землёй 71 сантиметр. Древний деревянный храм "клецкого" типа был осовременен надстройкой над ним деревянного восьмерика, с устройством на южном и северном фасадах треугольных фронтонов и обивкой всех фасадов "кровельной доской". Внутри церкви стены и своды были оштукатурены по дранке известковым раствором с алебастром. Все работы были окончены в августе 1856 года, а 30 сентября этого года состоялось освящение главного Никольского престола, 1 октября - был освящен придел Иоанна Предтечи и 2 октября - придел апостолов Петра и Павла. Церковный староста и священнослужители церкви своим рапортом в Ярославскую духовную консисторию сообщили: "Во время построек по церкви нашей помещица прихода нашего титулярная советница Екатерина Иванова дочь, вдова Щербакова и бывший прихожанин наш, ныне рязанский купец Иван Иванов Овсяников, пожертвовали в церковь села нашего на предмет украшения по 1000 рублей серебром, всего 2000 рублей серебром".
Работы выполнялись подрядчиком крестьянином вотчины господина Мизина деревни Каченяткино плотником Иоассоном Кондратьевым.
Сохранилось описание интерьеров Никольской церкви до её перестройки 1853-1856 годов. Она имела трехъярусный иконостас, местами украшенный позолоченной резьбой и резные позолоченные царские врата с традиционнымм изображениями. Над ними была устроена резная позолоченная сень, в которой помещалось изображение Бога Саваофа, а по сторонам его два образа с изображениями Тайной Вечери.
С правой стороны царских врат находился образ Спасителя, украшенный серебряными позолоченной цатой и венцом. В венце были вставлены 4 камня, а в цате три камня, оправленные серебряной оправой. Рядом была помещена Толгская икона Божией Матери, украшенная медными цатой и венцом, и к которым были подвешены два креста серебряные и один крест яшмовый в серебряной оправе. Далее находились южные двери иконостаса с изображением ангела. Рядом с ними был помещен храмовый образ святителя Николая Чудотворца "с чудесами его", украшенный серебряными венцом и короной. Здесь же, по сторонам образа были написаны Спаситель и Божия Матерь в серебряных венцах. Рядом, на повороте местного ряда, по южной стене находился образ Святой Живоначальной Троицы.
С левой стороны царских врат была помещена Казанская икона Божией Матери, украшенная серебряным венцом чеканной работы. Рядом с ними находился ещё один образ Божией Матери "Казанская", небольшого размера в серебряной позолоченной ризе, с таковыми же полями и цатой. На этом образе возглавие было вынизано натуральным жемчугом среднего размера и снизу образа помещались шесть камешков, между которыми было пронизано мелким жемчугом в количестве 27 штук. Далее, в местном ряде иконостаса были устроены северные двери с изображением архидиакона Стефана. Рядом с ними, на повороте иконостаса на северной стене находился образ Спасителя с предстоящими священномучениками Власием и Модестом, украшенный серебряными венцами с позолотой и серебряным окладом.
Второй ярус иконостаса состоял из деисусного чина, в центре которого находился Спаситель, сидящий на престоле, а по сторонам от него Божия Матерь и Иоанн Предтеча с "ликом апостольским". Третий ярус состоял из икон двунадесятных праздников, составлявших праздничный ряд иконостаса.
По сторонам деревянной солеи были поставлены два тесовых клироса. У левого клироса в резном позолоченном киоте находился образ Воскресения Христова "со страстями", украшенный серебряными чеканными позолоченными венцами и двумя ризами.
В трапезной части храма, на левой стороне, в резном выкрашенном киоте был помещен образ пророка Илии. В паперти над входом в храм находился образ Божией Матери в киоте. С западной стороны при входе в паперть и с северной стороны, при входе в храм были устроены крыльца покрытые тесом.
Таким был интерьер Никольской церкви в первой половине XIX века. При перестройке церкви в 1853-1856 годах главный иконостас был переделан, а по его сторонам были установлены ещё два иконостаса приделов Иоанна Предтечи и апостолов Петра и Павла. Все работы по их установке, написанию икон были выполнены подрядчиком рыбинским мещанином живописцем Григорием Ивановичем Рогозиным, а позолочены они были госпожи Кожиной дворовым человеком Михаилом Федоровичем Козловым. О том, как выглядели эти иконостасы, как располагались в них иконы, сегодня неизвестно, до наших дней не сохранилось более поздних описей имущества церкви.
По материалам книги: Михайлов А.В. "Церкви Рыбинского уезда". - Рыбинск, 2016