В полутора верстах северо-востоку от Софрониевой пустыни находится городище, которое специалисты датируют скифским временем. Первые письменные упоминания о нем относятся к 1684 г., когда на нем было две келии, погреб, имелся огород и был посажен сад. Согласно преданию, здесь любил уединяться для молитвы преподобный старец Софроний, трудами которого на городище была сооружена деревянная часовня (архимандрит Палладий указывал, что часовню разобрали около 1810 г.). В конце XIX в. здесь был устроен Иоанно-Предтеченский скит.
В 1891 г. настоятель обители игумен Палладий (Батенин), обратился к преосвященному Иустину (Охотину), епископу Курскому и Белгородскому, с прошением о благословении на устройство близ вверенной ему пустыни скита. Разрешение было получено, и менее чем через год (25-го октября 1892 г). состоялось торжественное открытие скита. В торжествах участвовали настоятели окрестных обителей, приходское духовенство и множество народа. Освящал скитскую церковь преосвященный Иустин. Единственный Иоанно-Предтеченский храм был рассчитан на 150 человек. Иконостас и киоты для икон в нем были резные, дубовые, без позолоты. В одной связи с церковью находилась двухъярусная колокольня. Скит окружала кирпичная ограда с воротами. Кроме храма, в скиту имелось пять корпусов: первый – для игумена пустыни, второй – для начальника скита, третий и четвертый – для братии, пятый – трапезный. На территории скита был разбит сад и заведена пасека. На момент открытия в скиту насчитывалось 12 человек.
Положение о скитском жительстве было разработано 19-23 ноября 1891 г. епархиальным начальством. Суть его в следующем:
«1. При Софрониевой пустыни, в полутора верстах от нее, в лесу, учреждается Иоанно-Предтеченский скит в память избавления Его Императорского Высочества, Государя Наследника Цесаревича Николая Александровича от угрожавшей ему опасности в Японии 29 апреля 1891 года.
2. Цель учреждения скита заключается в том, чтобы как монашествующим сей пустыни, так и не давшим еще иноческих обетов, но душевно-ревнующим о своем спасении, доставить возможность к глубочайшему вниманию к самим себе и удобнейшему внутреннему духовному деланию.
3. Главные свойства, которые требуются от жительствующих в скиту, должны быть: глубокое смирение, всецелое послушание, безмолвие, непрестанная молитва.
4. Скит находится под управлением игумена пустыни и в ближайшем наблюдении старца – начальника скита, избранного игуменом по совету с старшей братией и утвержденного епархиальной властью.
5. На должность начальника скита избирается монашествующее лицо, не только отличающееся полной безукоризненностью иноческой жизни, но и одаренное духовной прозорливостью и способное быть благонадежным руководителем других ко спасению.
6. На жительство в скит поступают желающие не иначе, как по благословению игумена пустыни и с совета старшей братии; причем наблюдается, чтобы в скиту было достаточно братий для совершения церковных служб и для выполнения скитских послушаний.
7. Божественная литургия и прочие церковные службы совершаются в скиту, начиная с Святой Пасхи, во все двунадесятые праздники, в первую и последнюю седмицы св. Четыредесятницы, во все дни, посвященные небесному покровителю скита, честному и славному Пророку, Предтече и Крестителю Господню Иоанну, и прочим великим пустынножителям, просиявшим на Востоке и в нашем Отечестве, а также и в высокоторжественные дни. В остальное время года еженедельно литургия совершается только в субботу и воскресенье, а в прочие дни недели отправляется утреня, вечерня и повечерие с канонами Иисусу Сладчайшему, Матери Божией и Ангелу Хранителю.
8. В скитской церкви ежедневно совершается молитвенное чтение Псалтири, прерываемое только временем церковных служб; причем совершается поминовение о здравии и спасении Благочестивейшего Государя, Его супруги, Наследника Престола, а также Святейшего Синода, епархиального архиерея, игумена пустыни и скитских братий, благотворителей обители, и о упокоении усопших братий пустыни и скита, благотворителей и их сродников.
9. В память события, послужившего поводом к учреждению скита, 29 апреля ежегодно совершается из пустыни крестный ход в скитскую церковь и в ней литургия, благодарственный молебен Господу Богу о здравии и благоденствии Благочестивейшего Государя Императора и всего Царствующего Дома, после чего крестный ход возвращается в пустынь.
10. Могущие поступать в скитскую церковную кружку пожертвования, по надлежащей в особую книгу, поступают в общую кассу пустыни и расходуются на нужды по рассуждению игумена с старшей братией.
11. Содержание в скиту храма и прочих зданий, а равно и жительствующих в нем, всецело лежит на обязанности начальства пустыни и скита; причем относительно скитской трапезы должен быть строго соблюдаем церковный устав.
12. Вход лицам женского пола в скит воспрещается (равным образом и мужчинам без разрешения игумена), за исключением одного дня в году – 29 апреля».
В скитской церкви находились чудотворные иконы Пресвятой Богородицы «Донская» и «Утоли моя печали».
После закрытия Софрониевой пустыни и создания на базе её зданий детской колонии "Новый мир" некоторым представителям братии удалось добиться разрешения остаться в скиту, где некоторое время продолжалась монашеская жизнь, впрочем, недолго. Здания скита были разобраны, предположительно, в 1950-е годы. На месте скита уцелела лишь аллея старых каштанов и сады. Зимой-весной 2013 года началась расчистка территории скита от зарослей, а 25 мая 2013 года, в день празднования собора преподобных отцов Молченских, из обители состоялся крестный ход, после чего был совершен чин закладки нового Иоанно-Предтеченского храма (к северу от разрушенной церкви).
