Церковь с колокольней и башней, в стиле классицизма с элементами барокко, была построена в период с 1793-го по 1804 годы, автором проекта стал архитектор М. Шонс. Иконостас храма датируется началом XIX века. Приход был основан в 1793-ем году, однако его деятельность началась в 1804-ом году, когда втолько что построенной церкви появился священник. В 1804-ом году в приходе насчитывалось 112 прихожан. Первым священником эстонского происхождения в Выру стал дьякон Алексей Аллик. В 1870-ом году государство передало в ведение прихода 248 гектаров земли и право на рыбную ловлю в озёрах Тамула и Вагула. В 1922-ом году государство отнялоу прихода большую часть церковных земель всего 72 гектара. В 1944-ом площадь уменьшилась до 14 гектаров, а в 1949-ом году церковь окончательно лишилась своей земли. В 1976-ом году игумен Антон (Касекюли) начал ремонт церкви на приходские средства. Ремонт продлился семь лет, были заменены крыша и пол, а здание храма было оштукатурено и покрашено.