В 1710 году владелец Малыгина князь Григорий Несвицкий построил деревянную церковь во имя Казанской иконы Божией Матери; к церкви были определены священник, дьячок, пономарь и просвирница; в пользу причта отдано было земли по 10 четвертей в поле и сена – 10 копен; дани положено было на церковь 27 алтын 4 деньги. В то время в Малыгине находился «двор помещиков и 10 дворов людских». Вместо деревянной церкви в 1775 году с благословения Преосвященного Антония, Епископа Переславского и Дмитровского, построена была на средства подпоручика Остафьева каменная церковь. При церкви каменная колокольня, построена одновременно с ней.
В состав прихода, кроме с. Малыгина, входят следующие селения: д. Коворово, д. Самойлово большое и дер. Самойлово малое, первая деревня отстоит от церкви в 2 верст. и составляет самый дальний пункт в приходе. Прихожан за 1885 г. числилось 154 м. и 196 ж. пола душ; прихожане — все крестьяне; занимаются хлебопашеством и возкой дров из рощей; в приходе раскольников нет.
Причта при сей церкви по штату назначено: 1 священник и 1 псаломщик; в настоящее время священником состоит Алексей Озеров, который священствует с 1884 года.
При сей церкви земли: усадебной 2 д., сенокосной 5 д., пашенной 8 д., лесной 7 д., неудобной 10 д., — а сколько именно всего, и по частям, земли, неизвестно, потому что плана и межевой книги на сию землю при церкви не имеется. Дело о сей земле с 1825 г. производится во Владимирской дух. Консистории, которое еще не окончено. Дома у причта деревянные — собственные, на церковной земле. На содержание причта постоянного оклада не получается, а получается им всего в год до 734 рублей».
В с. Малыгине церковно-приходская школа открыта в 1869 году. К 1 января 1885 г. состояло 13 мальчиков и 1 девочка. Учащихся в 1892 – 93 учебном году было 24.
Престолов в церкви два: в холодной – в честь Казанской иконы Божией Матери, в трапезе теплой – во имя Святого Николая Чудотворца. Над главным престолом устроена сень на четырех деревянных столбах с иконою Господа Саваофа (на холсте).
Утварью, ризницей, Св. иконами и богослужебными книгами церковь снабжена достаточно. Из Св. икон наиболее замечательна икона Казанской Божией Матери в серебряной вызолоченной ризе с короной из жемчуга и разноцветных камней; икона эта местными прихожанами и жителями окрестных селений почитается рукотворной; на праздник 8 июля стекалось множество богомольцев. Письмо иконы очень древнее. Другая старинная икона Святого Николая Чудотворца в серебряной вызолоченной ризе.
В 1863 году пожертвован в церковь ковчег серебряный вызолоченный, на нем надпись: «пожертвован в Казанскую села Малыгина церковь крестьянином А.И. Смирновым по чудесном исцелении Казанскою сею Божиею Матери от смерти»… Святых сосудов: три серебряные вызолоченные и одни оловянные с резными изображениями Апостолов и креста (найдены местным священником под престолом). Из крестов замечательны: восьмиконечный серебряный вызолоченный. На нем надпись: «Животворящее древо, Иоанна Предтечи, Андрея Первозваннаго, Матфея Евангелиста, Марка, Луки, Василия Великого, Григория Богослова, Иоанна Златоустаго, Иоанна Милостиваго, Петра Митрополита, Алексия, Ионы и Филиппа, Гурия и Варсонофия Казанских, Архидиакона Стефана, великомучеников Димитрия и Георгия, Феодора Стратилата, великомучеников Никиты, Пантелеймона, царевича Димитрия, великомученицы Варвары, Преподобнаго Ефрема Сирина, Преподобнаго Сергия, Александра Свирского и Прокопия Декаполита». Кем приложен этот крест, неизвестно. С частицами Святых мощей был и другой тельный крест, висел он на Казанской иконе Божией Матери.
Напрестольное Евангелие, печати 1716 года. Из богослужебных книг старинная Осмогласник, приложена в 1775 году приказным Троицкой Лавры П. Архиповым. Церковные документы хранились в целости: копии с метрических книг с 1822 года, исповедные росписи с 1825 года. В архиве хранилась храмозданная грамота, данная Епископом Переславским Антонием в 1775 году.
Причта по штату положено: священник и псаломщик. На содержание его получалось: а) процентов с причтового капитала – 221 руб.; б) за аренду церковной земли – 150 руб. (в 1889 году, в 1892 году бывший на церковной земле химический завод Кириллова уничтожен и арендная плата – 150 рублей – прекратилась); в) от служб и требоисправлений – 450 руб., а всего – 821 рублей в год. Дом у священника церковный, у псаломщика собственный на церковной земле.
Земли при церкви значится: под церковью и кладбищем – 400 кв. сажень, под селением – 2 десятины 2000 кв. сажень, пахотной – 26 десятин 770 кв. сажень, сенокосной – 3 десятины 30 кв. сажень, лесу строевого и дровяного – 3 десятины 2000 кв. сажень, под дорогой – 438 кв. сажень, под речками и ручьями – 2168 кв. сажень, а всего – 37 десятин 606 кв. сажень. Часть пахотной земли заросла мелколесьем. Межевой книги на землю не было, а была копия с плана от 1886 года.
Приход состоял из села Малыгино и деревень: Коворовой (Ковровой. 2 версты от церкви. В 1865 году село Малыгино по взаимному соглашению помещицы Черкесовой и крестьян переведено к деревне Коворовой и место, где оно было, ныне распахано.), Самойловой Большой и Самойловой Малой, в коих по клировым ведомостям числилось 157 душ мужского пола и 186 женского, все православные. Часть прихожан в деревне Коворовой – переселенцы из Ржевского уезда Тверской губернии, а в деревне Самойловой – из Тамбовской губернии.
По материалам: Добронравов, В.Г. Историко-статистическое описание церквей и приходов Владимирской епархии: [Вып. 5]. Переславский и Александровский уезды. - 1895. - 520, VI с. Орлов В.М. Описание церквей и приходов Владимирской епархии. Т. 1. Александровский уезд. - Владимир, 1886.
Здание церкви сломано после 1960-1970-х гг., фундаменты сохранились.
