До 1917 года в поселке Качирском имелся молитвенный дом, построенный и освященный в честь Трех Святителей в 1906 году. В советское время церковь была разрушена.
В 1993 году православные жители села Качиры Павлодарской области обратились к руководству района с просьбой выделить верующим помещение для совершения богослужений. Администрация района передала общине здания бывшего детского сада. Один корпус был разобран, и на его месте в этом же году началось строительство нового типового храма.
26 января 1994 года архиепископ Алматинский и Семипалатинский Алексий благословил образование Трехсвятительской общины в селе Качиры Павлодарской области.
К концу 1995 года были возведены стены, установлены перекрытия, смонтированы три купола, подведено центральное отопление. В 1996 году был завершен монтаж центрального свода, шпиля над звонницей, семи куполов, продолжились работы по внутренней отделке храма, начата установка церковной ограды и благоустройство прилегающей к храму территории.
7 января 1997 года, в великий праздник Рождества Христова, состоялось торжественное открытие храма Трех Святителей. В ночь с 6 на 7 января в новом храме была совершена первая праздничная рождественская Божественная литургия. А утром 7 января в храме состоялся детский праздник. В два часа дня началась торжественная церемония открытия храма. На праздник прибыли руководители области, района, многочисленные верующие из Качир и близлежащих сел. Был отслужен благодарственный молебен, совершен Крестный ход, после чего В 1998-1999 году произведена роспись храма. 25 августа 1999 года архиепископ Астанайский и Алматинский Алексий совершил чин Великого освящения Трехсвятительского храма. Архиерейскими грамотами были награждены те, кто усердно потрудился в деле созидания храма и становлении жизни прихода: церковный староста Николай Иванович Косяков, аким Качирского района Борис Дмитриевич Назаренко, архитектор района Владимир Борисович Иванов, начальник Качирского узла телекоммуникаций Станислав Станиславович Витэк и другие. При храме была организована Воскресная школа,
В храме были случаи обновления и мироточения икон. Так, 2 января 2002 года замироточила икона Божией Матери «Всех скорбящих радость».
12 февраля 2011 года, в день празднования Собора Вселенских учителей и святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого, епископ Варнава совершил в Трехсвятительском храме первую Божественную литургию архиерейским чином. Также историческим событием стала первая хиротония, которую совершил на престольный праздник Владыка епископ.
Престольный праздник – 12 февраля – Собор Вселенских учителей и святителей Василия Великого, Григория Богослова и Иоанна Златоустого.