Построен в 1910 г. по инициативе инженерного состава, работающего на возведении и обслуживании железной дороги Санкт-Петербург – Варшава на средства меценатов–железнодорожников, а также пять тысяч рублей золотом было выделено из государственной казны царём Николаем II по просьбе инициативной группы. Храм построен из жёлтых кирпичных плит, спроектирован и выполнен в неовизантийском стиле в форме креста. Наречён во имя прп. Пантелеймона, святого–целителя.
В 1914 г., после начала Первой мировой войны, имущество церкви было эвакуировано в Россию.
В 1915 г., с приходом в город немецких войск, в здании православной церкви была оборудована лютеранская часовня.
В 1927 г., с приходом в Вильнюсский край польской власти, бывшая православная церковь переделана под католический костёл Иосафата Кунцевича.
В 1946 г. православные верующие г. Пабраде ходатайствовали о возвращении своего храма, но литовский уполномоченный Совета по делам религий при Совете министров СССР отказал им в этом праве.
В 1991 г. на территории у храма был установлен и освящён католический крест в память о всех жертвах сталинских репрессий, выполненный народным художником Литвы Йозафом Якштасом из дуба.
В 2007 г. в Пабраде был построен новый католический костёл Святой Девы Марии – царицы семей, а здание в декабре, по ходатайству митрополита Виленского и Литовского Хризостома, передано православной общине в бесплатную аренду на 90 лет. Храм был наречён во имя прп. Сергия Радонежского. 6 января 2008 г. в церкви прп. Сергия Радонежского прошла первая православная служба.
В 2009 г. в храме было совершено праздничное богослужение в честь покровителя храма. Возглавлял его митрополит Виленский и Литовский Хризостом в сослужении священников Владимира Селявко и Владимира Собченко.
30 декабря 2009 г. в курии Православного архиепископства состоялась торжественная церемония передачи Католической церковью Литвы храма в Пабраде православной общине городка. Архиепископ Вильнюсский Аудрис Йуозас Бачкис вручил главе Православной церкви Литвы митрополиту Виленскому и Литовскому Хризостому акт о передаче здания в вечное пользование.
По материалам официального сайта Виленско-Литовской епархии
