Кирпичное здание церкви в честь Живоначальной Троицы с приделами Неопалимой Купины и Иоанна Богослова было построено в г. Шишкеев в 1807 г., в 1863 г. пристроены трапезная и колокольня. В 1925 г. Шишкеев утратил статус города и был переименован в село Шишкеево.
Храм представляет собой интересный памятник классицистической архитектуры, доминирующий в центре села и организующим его планировочную структуру. Вытянутый в плане комплекс построек включает квадрат храма с прямоугольником алтаря с криволинейной апсидой (первого этапа строительства), обширную трапезную с тремя нефами, обнимающую храм с севера и юга, прямоугольную в плане колокольню, соединенную узким переходом с трапезной. В объемной композиции приземистая трапезная служила основанием куба храма и контрастировала с вертикалью трехъярусной колокольни (четверик и два восьмерика, завершенные полусферой купола). Фасады трапезной прорезаны прямоугольными проемами, второй и третий ярусы колокольни – арочными. Притворы храма, два нижних яруса колокольни украшены треугольными фронтонами. В эклектичной архитектуре использован как классицистический декор (фронтоны, пилястры), так и архаический (кокошники наличников). В объемно-планировочной структуре памятника особый интерес представляют следы реконструкции середины XIX в., в целом архитектура характерна для русской провинции того периода.
Из статьи В.Б. Махаева "Классическая архитектура церквей Мордовского края"