Приход в селе был одним из самых древних, и существовал уже в начале второй половины XVI столетия. Первое письменное упоминание о Богоявленском храме относится к 1710 году: он был деревянный с двумя приделами. Простояв около 30 лет, в 1729 году церковь сгорела, но уже в 1731 году была наново отстроена. Богоявленская церковь соседствовала с храмами Флора и Лавра и священномученика Власия.

Строительство каменной церкви Богоявления Господня взамен деревянной началось 15 мая 1805 года, а закончилось на следующий 1806 год. Это было двухэтажное здание, перекрытое куполом и увенчанное пятью главами на деревянных граненых барабанах, высотой 32 м. Главный придел освящен во имя Богоявления Господня, придел на 2 этаже - во имя Святой Живоначальной Троицы. С запада к храму примыкала трапезная, которая в зимний период отапливалась печами, с двумя приделами: слева от входа - во имя Святителя Николая Чудотворца, справа - Св. великомученика Георгия.

В 1828-29 годах устроили пол из плитняка. Церковь пострадала во время грозы 1841 года, поэтому в 1842-58 годах проводился ремонт и переосвящение престолов. Колокольня была пристроена в 1834 году, но вскоре появились трещины на стенах, и в результате обследования Вологодским губернским архитектором Ремером в 1895 году принято решение - разобрать до основания. 12 октября 1897 года состоялась закладка новой колокольни, строительство продолжалось по 1904 год. В 1903 году подняты колокола и установлен Св. Крест на колокольню, а в 1904 г. её побелили. Общая высота колокольни 52,5 м.

В 1904-1914 г.г. проводились работы по расширению и устройству двусветного храма: переложены своды, увеличена высота стен трапезной и основной церкви, второй этаж летней церкви упразднен для увеличения объема храма и устройства второго света в виде круглых окон под крестовыми сводами. Так церковь обрела вид, дошедший до наших дней.

С началом I Мировой войны все строительные и отделочные работы были свернуты, а после революции начался второй период истории церкви, период запустения, старения и разрушения. В церковной летописи отражено начало этих событий: принятие декрета об отделении церкви от государства, после чего храм был передан на содержание общине; компания по изъятию церковных ценностей в 1922 году. Гонения на церковь и священнослужителей в 30-е годы XX века не миновали и Богоявленскую церковь. Многие священники были репрессированы. В 1937 году церковь закрыли для верующих постановлением президиума облисполкома от 29.11.1937 г. с мотивировкой "Отказ общины от использования". Колокола и крест с колокольни были сброшены, а церковное имущество вывезено. Здание церкви позднее использовалось как зернохранилище, склад; территория погоста при церкви использовалась под стоянку техники, в приделе располагалась дизельная, об открытии которой сообщает "Вельский лесоруб" от 12 августа 1935г. С северной стороны построены два двухэтажных дома, с южной - после пожара, уничтожившего Флоро-Лаврскую церковь - устроена дорога на мост через реку Пежму.

В конце второго периода своей истории церковь обрела вид удручающий, время наложило на неё печать одиночества, заброшенности и неумолимого разрушения, покосившийся, висящий на цепях, крест подчеркивал эту картину...

В 1990-е годы закрылся склад совхоза, сделан проект реставрации Богоявленской церкви, проведена уборка внутренних помещений, вывезены горы мусора, железа и десятилетних отложений грязи, проведены десятки встреч, консультаций, собраний, поездок. Но на практический ремонт так и не решались: очень уж велик объем работы предстоял, да и работы особые - купольная кровля, барабаны, главки, восстановление утраченного завершения, требующие высококлассных специалистов. Чем глубже вникали в проект, тем больше было изумление: даже с современной техникой и инструментами задачи казались архисложными. Как же решали их наши предки, вооруженные рычагом Архимеда и топором? Радость, а зачастую и холодок страха, часто посещали наши души. Справимся ли? Надо ли это? Если надо, то кому?...

Церковь - вне всякого сомнения - центр притяжения всей округи, нет здания красивее, ценнее и притягательнее этого, воздвигнутого предками 200 лет назад. Убрать с панорамы Пежмы церковь - и Пежма уже будет не та, да и Пежма ли это будет?! Скорее одна из десятков тысяч таких же российских деревень, ничем не примечательных и не оставляющих следа ни в памяти, ни в душе. Сохранить церковь - сохранить лицо Пежмы!

http://www.pezhma.ru/issue.shtml/hram/134.html