Прежде Боболи были торговым селом Боровского уезда. В нем проходили крупные ярмарки. В 1835 году на средства графини М.Б. Потоцкой в селе был построен каменный храм. Во второй половине 19 века он перестраивался - были сооружены новые приделы и колокольня. Всего в храме было 4 престола: главный - в честь святителя Николая и в приделах - в честь Коломенской иконы Божией Матери, в честь великомученика Никиты и в честь великомученика Георгия Победоносца. К храму была приписана часовня. В приходе действовало четыре школы: церковноприходская в Боболях и земские в Глухове, Кувтине и Бабичеве. В его состав входили деревни Каменево, Марьино, Анохино, Глухово, Ильинка, Брюхово, Бабичево, Екатериновка, Фитиньино, Кувтино и др.
Богослужения в храме совершались до 1969 года - в этом году он был закрыт и разграблен. Без ремонта он начал постепенно разрушаться. В 1997 году во время грозы обрушился купол с крестами. 28 сентября 2000 года епархией был направлен запрос властям о возвращении храма для его использования по назначению, и одновременно начались работы по его восстановлению. При храме образовано подворье Свято-Николаевского Черноостровского женского монастыря. Рядом с храмом построена небольшая часовня для совершения богослужений во время восстановления храма.