Трапезные палаты с церковью Рождества Христова построены на "старых каменных службах" в 1686-1690 годах. Храм был освящён Патриархом Московским и всея Руси Адрианом. Царевна Татиана Михайловна Романова, младшая дочь царя Михаила Романова от брака со второй супругой Евдокией Лукъяновной Стрешневой, снабдившая церковь "всей необходимой утварью и ризницею", пожелала, чтобы центральная палата использовалась для молитв, вторая - для трапез монашествующей братии, а третья как "гостиная мирским ясти всяких чинов людям". Архитектура церкви Рождества Христова типична для русского зодчества конца ХVII столетия. Второй этаж храма представляет собой четверик с двумя рядами окон и сомкнутым сводом, на который поставлены два глухих восьмерика, завершённые главкой с крестом. Однако расположена церковь необычно. Она поставлена не по оси трапезных палат, а перпендикулярно к ним, напротив ротонды Воскресенского собора. Это обусловлено значением храма как образа Вифлеема. В первом ярусе церкви, под алтарём, устроено подобие пещеры Рождества Христова. Святой Вертеп и Святой Гроб симолически отражают друг друга, что соответствует православной иконографии, поскольку каменные ясли, куда был положен Богомладенец Христос, прообразуют Его погребальное ложе.
После реставрационно-восстановительных работ Пещера Рождества Христова была расписана евангельскими сюжетами, повествующими о Пришествии в мир Богочеловека. В данном случае иконография праздника принадлежит к развёрнутому варианту "Рождества Христова", включающему многочисленные сцены: Рождество Христово; Поклонение Ангелов младенцу; Поклонение пастухов; Беседа волхвов с царём Иродом; Принесение даров; Явление Ангела спящим волхвам; Явление Ангела Иосифу во сне и др. С конца ХVIII века вблизи Вертепа находятся приделы Поклонения волхвов, Обрезания Господня, Бегства в Египет и Мучеников 14 тысяч младенцев, от Ирода в Вифлееме избиенных. Церкви не имеют внешнего сходства с первообразами, но отражают полноту священных воспоминаний о месте, где благоволил родиться Спаситель мира.
Трапезный храм Рождества Христова освящён 6 декабря 1997 года Патриархом Московским и всея Руси Алексием II. 25 сентября 2011 года богослужение в Рождественской церкви совершил Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл.
Из книги-путеводителя: Воскресенский Ново-Иерусалимский ставропигиальный мужской монастырь. - Истра: Воскресенский Ново-Иерусалимский ставропигиальный монастырь, 2017