Христианизация Обонежья связана с приходом в эти края, богатые рыбой и пушниной, новгородцев. Уже в ХII веке Новгород прочно утвердился на берегах Онежского озера. Местные племена частью были оттеснены на северо-запад, частью ассимилировались с пришельцами, приняв их обычаи, язык и - веру. Видимо, именно в это время на острове Кижи появилась первая церковь или, по меньшей мере, часовня. До новгородцев здесь жили прибалтийско-финские племена весь и корела. Они то и дали острову название Кижи - от слова "кижат", что означает "игрища". Согласно предположениям исследователей, в те стародавние времена на острове располагалось языческое капище, ведь как известно, языческие обряды часто сопровождались ритуальными играми, песнями и плясками. В пользу этого предположения говорит, как ни странно, и тот факт, что именно на острове Кижи сформировался храмовый ансамбль, ибо церкви часто ставились на тех местах, откуда были изгнаны идолы. В конце ХV века Новгород со всеми обширными владениями вошёл в состав Московского государства. Кижи к этому времени являлись центром Спасо-Кижского погоста (здесь уже был храм во имя Спаса - и, скорее всего, именно Преображенский), охватывавшего южную часть Заонежского полуострова с полутора сотнями деревень.
Первое документальное упоминание о Кижах относится к 1582 году - более ранние записи, к сожалению не сохранились: "Погост Спасский в Кижах на Онеге озере, а на погосте церковь Преображенье Спасово, а другая церковь Покров Святая Богородицы". Более обстоятельно описываются кижские церкви в 1616 году: "А на погосте Боголепного Спасово Преображения деревянной с папертьми верх шатровой и Покрова Пресвятой Богородицы, теплой, тож деревянной". Тогда же упомянута и колокольня ("колокол на колокольне"). Это, однако, был не тот ансамбль, что существует ныне, а его предшественник, сгоревший от удара молнии в начале 1690-х годов (в документальных источниках указан 7202 год от сотворения мира, начинавшийся в сентябре и соответствовавший 1693-1694 годам от Рождества Христова). Вскоре после пожара началось строительство нового храмового комплекса. Сначала построили клетскую (имевшую вид избы с прирубленной алтарной частью) церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы, а затем началось возведение Спасо-Преображенского храма. Заложили его в 1714 году, 6 июня, о чём имелась соответствующая запись на кресте, хранившемся в алтаре церкви.
Существует предание, что строил церковь некий мастер Нестор, закинувший после окончания работы свой топор в озеро со словами: "Не было, нет и не будет такой". Но это только легенда - как и то, что план будущей постройки собственноручно начертил Пётр I; имена же реальных "художников топора" нам неизвестны. Возможно, однако, это были те самые мастера, что шестью годами раньше построили многоглавую церковь Покрова Пресвятой Богородицы в селе Анхимове (нынешний Вытегорский район). Церковь эта, к сожалению, сгорела в 1963 году от случайного костра, разведённого неподалёку какими-то доморощенными Геростратами, но остались изображения и описания, подтверждающие её удивительное сходство с кижскими храмами. Принято говорить, что храм Спаса-Преображения выстроен без единого гвоздя, но это всё-таки некоторая "полуправда". Гвозди при строительстве использовались - ими прибивали лемехи, покрывающие главки, чтобы те держались прочно и ровно. Сам сруб, несмотря на кажущуюся "фантастичность", устроен довольно просто и представляет собой двадцатистенок, то есть восьмерик с четырьмя прирубами. Брёвна сложены "насухо", без обычной прокладки из мха или пакли, так как церковь изначально возводилась как летняя и не нуждалась в дополнительном утеплении. Служили здесь от Пасхи до Покрова.
Кижский храмовый ансамбль в конце ХVIII века был объёктом если не исследований, то во всяком случае, заинтересованного внимания путешественников, посещавших Петрозаводск по казённой или своей надобности. Так, естествоиспытатель Н. Я. Озерецковский, совершивший в 1785 году плавание по Ладожскому и Онежскому озёрам, отмечал: "Близ Климецкого острова лежит также остров Кижской, которого длина не более 5 вёрст; на нем погост того же названия и состоит из двух деревянных церквей, из коих одна о 23 глвах и стоит на возвышенном месте; вид ея весьма красив. Прихожан обоего пола к сему погосту причислено 2358 человек".
В 1827 году Кижский приход, относившийся прежде к Новгородской и Архангельской епархиям, вошёл в состав новообразованной Олонецкой епархии. Приписано к нему было около пятидесяти деревень с десятью часовнями. Владели кижские храмы и некоторым - впрочем, весьма скромным - количеством земли: 20 десятинами пахотной и 11 десятинами покосной. Кроме того, церквам принадлежали два дома для причта. Местные жители активно жертвовали средства на содержание и украшение храмов. Так, в 1829 году прихожане собрали более двух тысяч рублей на обивку железом глав Спасо-Преображенской церкви - в соответствии с тогдашними представлениями о благолепии. Сохранились в документальных источниках и упоминания о "единоличных" жертвователях, вкладывавших в храм иконы и предметы церковного обихода. Тем не менее, приход не был богат. Описание ризницы Преображенской церкви поражает своей "аскетичностью". Среди прочего имущества, очень некорыстного, помянуты "венцы для брачующихся сосновые, из них женский расколот", напрестольный кипарисовый крест и резные иконы Божией Матери и Иоанна Предтечи". О скудости средств, которыми располагал приход, можно судить и по тому, что в начале 1870-х годов, когда в Преображенской церкви проводился очередной крупный ремонт (содержать в порядке такую большую церковь было не так-то просто), кижане специально просили у епархиального начальства разрешения на отмену некоторых из запланированных ранее работ по переустройству трапезной. Очевидно, что сделать это их заставила необходимость экономии.
В начале ХХ века Кижи получили всероссийскую известность. Сюда зачастили живописцы, исследователи, архитекторы. Побывали на Кижах и такие влюблённые во всё древнерусское художники, как Игорь Грабпрь и Иван Билибин. Билибин отозвался восторженными словами: "Нигде мне не приходилось видеть такого размаха строительной фантазии, как в Кижах!" Революционные "новшества" дошли до Кижей не сразу. В 1920 году Кижский погост поставили на государственный учёт как памятник архитектуры, что, однако, не помешало проведению богослужений. Только в 1935 году сельсовет организовал по семнадцати местным колхозам голосование о закрытии кижских церквей. Что характерно, за закрытие проголосовали лишь восемьдесят человек, а за то, чтобы в храмах служба продолжалась, - тысяча. Но голосование оказалось лишь пустой формальностью. Несмотря на недвусмысленно высказанную волю колхозников, в феврале 1937 года власти постановили закрыть Преображенскую церковь для прихожан, оставив, впрочем, в их пользовании Покровскую. Кижане писали жалобу в Москву (отважный поступок для 1937 года), которая, конечно, помочь уже не могла.
Осенью 1937 года в Преображенском храме отслужили последнюю литургию. Вскоре после этого был арестован последний настоятель кижских храмов о. Алексий (Петухов). Через месяц его расстреляли. Так прекратилась служба и в Покровской церкви. Во время Великой Отечественной войны Кижи оказались на оккупированной финскими войсками территории. Финны, к попавшим в их руки памятникам архитектуры отнеслись рачительно (даже слишком - вывезли все иконы из иконостаса Преображенской церкви в Финляндию), а вот людям пришлось гораздо тяжелее. Многие кижане прошли через концентрационные лагеря, устроенные финнами для русского населения Карелии. Вернуться на родную землю после ухода оккупантов довелось не всем.
В августе 1945 года на Кижи прибыла экспедиция архитекторов и реставраторов, по результатам которой был составлен план первейших аварийных работ. Они начались в 1947 году, а с 1949 года проводились силами специальной проектно-реставрационной мастерской. В неё входили, в частности, местные плотники, перенявшие от отцов и дедов традиции мастерства. Руководил реставрацией московский архитектор А. В. Ополовников принявший решение вернуть - насколько это возможно - храмам первоначальный облик, "заретушированный" позднейшими поновлениями. Работы в целом завершились к концу 1950-х годов. Тогда же, в 1959 году, было утверждено положение об архитектурном заповеднике на Кижах, и началось "собирание" деревянных строений из окрестных деревень. Интерес к кижским памятникам постепенно возрастал, выходя за границы научно-художественного сообщества. Способствовало тому увлечение Русским Севером, распространившееся в среде советской интеллигенции в 1960-е годы. И на Кижи, приобретшие в 1969 году статус Государственного историко-архитектурного и этнографического музея-заповедника, началось настоящее паломничество - причём международного масштаба.
В 1990 году ансамбль Кижского погоста вошёл в Список Всемирного наследия ЮНЕСКО. Регулярные службы на Кижах проводятся с 1997 года - пока только в Покровской церкви, поскольку Преображенская реставрируется и закрыта для посещений. В дальнейшем предполагается возобновить богослужебную жизнь и в этой церкви. Но "регулярная" приходская жизнь на Кижах невозможна, большинство богомольцев приезжает сюда из Петрозаводска, и в 2003 году был принято, пожалуй, самое приемлемое в сложившейся ситуации решение. Согласно указу Святейшего Патриарха Московского и всея Руси Алексия II при Спасо-Преображенском храме открыли Патриаршее подворье. Настоятелем его назначили иерея Николая Озолина. Кижский погост вновь "осмыслился" своим исконным смыслом, стены его вновь выросли в меру своего высокого предназначения - нести людям весть о "едином на потребу".
Из журнала "Православные Храмы. Путешествие по святым местам". Выпуск №8, 2012 г.