Село на реке Молокче и храм святителя Николая в нем существовали с глубокой древности. По преданию, чудотворная икона святителя явилась на одном из сенных стогов. Когда нашедший ее крестьянин хотел унести ее в ближний храм, он услышал голос: «Не смей уносить! Здесь строй храм!» Оттого и село получило свое название Стогово.
В начале XVII века Стогово – дворцовое село, в нем находился деревянный храм. В 1803 году на средства местного помещика князя П.П. Щербатова и уроженца села митрополита Новгородского и Санкт-Петербургского Амвросия (Подобедова), сына священника храма в селе Стогове, построен каменный храм во имя святителя Николая с приделом во имя святителя Амвросия Медиоланского.
В храме долго сохранялась очень древняя, чудом явленная, икона святителя Николая. В 1816 году митрополиту Амвросию Константинопольским патриархом Поликарпом был прислан золотой крест с частицей древа Креста Господня, украшенный 37 алмазами. В 1820 году , по завещанию владыки, этот крест был передан в Никольскую церковь и находился в ней на иконе Воздвижения Честного Креста, украшенной серебряной ризой. Позже, вероятно в безбожные годы, святыня была утрачена.
В 1888 году при храме была открыта приходская школа. Последний настоятель храма иеромонах Иероним (Киселев) был арестован 26 января 1938 года, а 17 февраля того же года расстрелян на полигоне в Бутово под Москвой. Храм был закрыт и взорван, сохранилась только трапезная часть. В 1977 году Никольский храм был признан памятником архитектуры.
В 1996 году руины храма возвращены верующим и организована православная община, настоятелем которой указом Митрополита и Крутицкого Ювеналия был назначен священник Вячеслав Брегеда. Ныне храм расположен на землях населенного пункта Малинники, поскольку село Стогово как административная единица было ликвидировано в 1988 году.
К северо-востоку от села Малинники идет проселочная дорога к источнику преподобного Сергия Радонежского у деревни Взгляднево, известному как «водопад Гремячий Ключ». История сохранила свидетельство, что по пути в Киржач преподобный Сергий со своим учеником преподобным Романом останавливался на этом месте. Тогда же по его молитве на склоне горы забил святой источник. Другой целебный источник, о котором не все знают, находится в ста метрах от Никольской церкви.
В настоящее время трудами настоятеля протоиерея Вячеслава Брегеды сделано перекрытие крыши, заменен пол в храме, в трапезной части храма устроен придел во имя святителя Амвросия Медиоланского. В стиле древнего деревянного зодчества построена звонница, на которой повешены семь колоколов. Вес самого большого колокола 300 кг. Налажена литургическая жизнь.
В 2007 году настоятелем назначен священник Сергий Дидковский, трудами которого ведется дальнейшее восстановление храма.
По материалам сайта Сергиево-Посадского благочиния.