Храм на каменном фундаменте, рубленный в обло (места соединений закрыты тесовой обшивкой). Крестово-купольного типа, с традиционной трехчастной композицией: прямоугольные в плане храм с алтарным прирубом, трапезная, связанная с храмом переходом, равным по величине алтарю и колокольня, рублена из бревен средней величины "в обло" под обшивку и поставлена на кирпичное основание. Сам храм представляет собой высокий четверик, увенчанный высоким куполом на восьмигранном основании, с небольшим барабаном и луковицей в завершении. Апсида, трапезная и переход значительно ниже и перекрыты двухскатными крышами. Колокольня построена по принципу "восьмерик на четверике”. Нижний ее ярус равен по высоте четверику храма. Ярус звона увенчан невысоким шатром с барабаном и луковицей.
Декоративное убранство церкви отличается простотой и изяществом: стены обшиты и прорезаны высокими прямоугольными проемами, окна обрамлены наличниками (не сохранились). Углы обработаны «кувшинообразными пилястрами», венчающий карниз - профилированный, небольшого выноса. На севере и юге трапезная и аттик храма украшены треугольными фронтонами. На тимпанах храма помещены восьмигранные «нишки». Такие же «нишки» на аттике нижнего яруса колокольни. Шатер колокольни украшен кокошниками по граням. Все помещения внутри оштукатурены и побелены, на потолках профилированная лепнина, розетки. Внутри перекрытие храма имитирует восьмилотковый сомкнутый свод. Все части церкви связаны между собой широкими пятигранными проемами.
Памятник традиционной архитектурной композиции с элементами позднего классицизма в декоре трапезной, четверика, храма и псевдорусского стиля - в завершениях колокольни и храма. Основные габариты: 20,4х7,6 м
Рядом с церковью два захоронения. На ник положены массивные плиты черного мрамора с надписями, которые сообщают, что в этом месте похоронены потомственный почетный гражданин Векшин Лев Прокопьевич и Векшина Харитина Никитична.
Состав прихода (1914 г.): с. Нагорный Иштан Томского уезда, деревни Луговая в 8 в., Кижирова – 10 в., Орел – 12 в., Козюлина – 7 в., Пушкарева – 9 в., Больше-Брагина – 15 в., Мало-Брагина – 18 в., юрты Горбуновы – 9 в. Прихожан об. п. – 2099, в том числе раскольников 27 душ (1914 г.).
В 1924 г. была зарегистрирована религиозная община ориентации ВВЦС. С 1933 г. церковь бездействовала. Решением исполкома Новосибирского обл. Совета депутатов трудящихся № 142 от 14 июня 1940 года закрыта и передана под избу-читальню.
В 1980 г. здание поставлено на учет как памятник истории и культуры.
Справочная книга по Томской епархии. Томск, 1914. С. 150. Фаст М.В., Фаст Н.П. Нарымская Голгофа. http://providenie.narod.ru/0001070.html. Паспорт [на памятник истории и культуры]: Петропавловская церковь в с. Нагорный Иштан / Госинспекция по охране памятников истории и культуры : рукопись. Томск, 1977 (из архива П.Ю. Рачковского). http://старинныехрамы.рф/temples/petra-i-pavla-s-nagornyj-ishtan-1872/
