В 1794 в Гатчине открылось сиротское училище, которое после перевода в столицу получило в 1798 г. название Императорского Военно-сиротского дома. Он занял б. дворец графа Р.И. Воронцова у Обухова моста на левом берегу Фонтанки (см. церковь Воскресения Христова при Константиновском артиллерийском училище). При училище имелось девичье отделение, воспитанницы которого вместе с остальными учениками ходили в близлежащую церковь Воскресения Христова (см. упраздненную церковь Воскресения Христова при Обер-егермейстерском дворе).
Когда девичье отделение стало самостоятельным училищем, оно в сентябре 1806 г.перебралось в трехэтажный дом Остермана напротив Михайловского замка. Там была устроена церковь во имя св. Александра Невского (см. церковь вмц. Екатерины при Доме шефа жандармов), которую затем перенесли в работный дом (см. церковь мч. Михаила, князя Черниговского, при Городской пересыльной тюрьме).
Поскольку дом училища оказался не очень удобным, с аукциона был куплен другой, с садом, тоже на Фонтанке, около Экспедиции заготовления государственных бумаг. Известный арх. А.Е. Штауберт перестроил его в 1818-1820 гг. в красивое здание с портиком. На третьем этаже бокового флигеля он создал храм, освященный 7 августа 1820 г. архимандритом Аполлосом во имя апп. Петра и Павла. Одноярусный иконостас для этого храма вырезал охтинский резчик И.И. Фарафонтов; образа за 1500 руб. написал А. Антонов, расписавший также стены и потолок; лепку исполнил Н. Заколупин.
В 1829 г. училище стало называться Павловским институтом и для него, после расширения, Р.А. Желязевич возвел в 1845-1850 гг. на Знаменской улице новое здание в эклектическом стиле. В этом же стиле была оформлена и церковь на 500 человек, что потребовало нового иконостаса и новых образов, которые написал акад. П.М. Шамшин. Освятил храм на третьем этаже 17 июня 1851 г. епископ Макарий, ректор Духовной академии. Окон в помещении не было, и свет падал через проем в потолке. Лепные украшения на стенах сделал Ф.П. Дылев.
Ремонтируя и частично переделывая в 1894-1895 здание, арх. Ю.Ф. Бруни церковь не тронул. К столетию института воспитанницы (их звали „павлушки“) вышили для нее ковер, занявший весь пол. По воспоминаниям писательницы Л. Чарской: „Небольшая, но красивая и богатая институтская церковь сияла золоченым иконостасом, большими образами в золотых ризах, украшенных каменьями, с пеленами, вышитыми воспитанницами“.
Последним (с 1907 г.) настоятелем, который также преподавал в институте Закон Божий, был о. Виктор Васильевич Плотников, будущий епископ Венедикт, расстрелянный большевиками. При нем ставший приходским храм 20 сентября 1918 г. был закрыт, а имущество отдано в Знаменскую церковь. Иконостас остался на месте, но „был заставлен библиотечными шкафами“.
Здесь в 1918-1924 гг. размещался известный Институт живого слова. В 1980-1990-е гг. здание прошло капитальный ремонт и сейчас занято гимназией.
Антонов В. В., Кобак А. В. Святыни Санкт-Петербурга: Историко-церковная энциклопедия в 3-х т.