О церкви во имя Святителя и Чудотворца Николая на острове Троицы имеются следующие сведения: построена она была в 1602 году, ее освящение произошло 6 декабря. Предполагается, что Троицкая Муезерская пустынь возникла в 1573 году и первым храмом, построенным здесь, на Троицком острове, был не Никольский, а в честь Святой и Живоначальной Троицы.
Муезерский монастырь по переписи 1677 года состоял из 33 крестьян, а по более ранним грамотам от 12 июня 1600 года и 5 марта 1620 года, крестьяне были освобождены от уплаты всяких сборов и повинностей. Впоследствии был перестроен алтарь в церкви Живоначальной Троицы (1751), построили теплую с черной печью Никольскую церковь с папертью, трапезной и келарской, колокольню, часовню близ Никольского храма.
Рассказывая о древнейших церквях Троицкого острова, И. Н. Шургин пишет, что «маленькая пустынька строилась весьма медленно, но все же к концу 70-х годов XVII века в ней были все постройки, необходимые для религиозных и хозяйственных нужд монахов». Он приводит описание из «тогдашних» описей: «В Муезерской пустыни церковь Пресвятые и Живоначальные Троицы древляная клинчатым делом с папертью... Другой храм... Николая Чудотворца древяной шатровой теплой. С трапезою и с папертью. И с келарскою... Колокольня старая о пяти столпах, а на ней шатер... в монастыре брацких 4 келий прежних ветхих с сенми теплыми; да келья брацкая не в давне новая построена с сенми теплыми ж, ... келья на берегу близ озера сетная с сенми холодными ... ветхая. Да келья большая с сенми холодными и с чуланами а в ней служебники монастырские и работники живут. Да с тою ж келеею вместе зделана хлебня... Поварня ветхая... Двое конюшень ветхой и с хлевами. Анбарец пустой ветхой... Да строения внове строителя старца Алексия. Келья поставлена новая с перерубом с сенми теплыми и холодными. И с чуланами...
К хлебне вновь приделаны сени и 2 чулана теплых... Анбар на струбах новой. Квасоварня новая... Анбар казенной одножирной... Третей анбар на пристани двоежирной... Мелница а до нее из монастыря две версты... Противо мелницы келейка малая с сенми теплыми... Кузнеца в монастыре...».
В последующие годы кроме часовен в монастыре почти ничего не строилось. Он постепенно приходил в запустение: в 1708 году здесь осталось только пять монахов. В 1764-м монастырь упразднили. По преданию, имущество вывезли, Троицкий храм сгорел, кельи от времени разрушились.
Описание Никольской церкви находим в «Клировых ведомостях», хранящихся в Национальном архиве Республики Карелия. Из «Ведомости о Муезерской Николаевской церкви Кемского уезда» за 1848 год:
«1. Означенная Муезерская Церковь во Имя Святителя и Чудотворца Николая, когда именно построена и чьим иждивением не известно.
2. Зданием деревянная, ветхая, при ней колокольни нет, а имеются 4 колокола.
3. Никакой утвари кроме Св. Икон в показанной Церкви нет.
4. Причта при Новооткрываемом Масломуезерском Приходе положено: один Священник и два Причетника, но на лицо состоят Священник и Пономарь.
5. Земли ни усадебной, ни пахотной при помянутой Церкви не имеется.
6. Домов для Священноцерковнослужителей не имеется, а проживают на наемной квартире на своем собственном <…>*, в Маслозерском селе по совершенному неудобству и почти по невозможности иметь пребывание не только при Церкви самой на необитаемом острове, но даже и в ближайших от Церкви деревень.
7. На содержание Священника от 1847 года Октября 13-го дня получается штатного жалованья 250 рублей серебром в год, а Причетнику от 1848 года Мая 1-го дня ассигновано по 80-ти рублей серебром каждогодно…».
И далее:
«…10. Ближайшая к сей Церкви Шуезерская Ильинская Церковь в 30-ти верстах.
11. Приписной к сей Церкви никакой в Масломуезерском Приходе нет.
12. Домовой в сем Приходе Церкви нет.
13. Книги для записи прихода и расхода денег по новоустрояемому Масломуезерскому Приходу за шнуром и печатию Кемского Духовного Правления выданы в сем 1848 году…».
Из «Описи церковной и ризничной Кемского уезда Маслозерской Николаевской церквей, часовен, принадлежащих Маслозерскому Николаевскому приходу», составленной в 1856 году: «Муезерская Николаевская церковь построена в пах продолговатого квадрата, деревянная, кровля на паперти и алтарь на два ската, а над Церковию устроен осмиугольником со <…>, на коем возвышается одна глава с осьмиконечным крестом. Вся Церковь обита тесом вдоль. При входе в Церковь крыльцо, крытое на два ската. В паперти створные двери, в оной на правой стороне окно без окончины закрытое <…>; из паперти в трапезу также створные двери с железным <…> и висучим замком, в оной на левой стороне <…> печь, а на правой – три маленьких окна с окончинами <…> решетками… Церковь сия стоит на пустом острове, отстоящем от деревень Ушковской в 3-х<…> 4 верстах и Богослужение в оной уже не отправляется более ста лет, по упразднению сей пустыни Соловецким монастырем, к которому прежде она принадлежала…».
Предалтарный иконостас храма описан так:
«1. Царские врата гладкие с изображением на них Благовещения Пресвятой Богородицы Святителей Василия Великого и Иоанна Златоуста утверждены на двух столбцах так же гладких как их лики разных святых. В <…> над Вратами Тайная вечере.
2. <…> Иконостас столярный и частично окрашенный масляными красками. В оном по правую сторону Царские врата.
3. Образ единоначальной Троицы с тремя маленькими и <…> серебряными 32-й пробы оклады вокруг и под <…> величиною образ в длину 1 аршин, ширину ¼ верш.
4. Образ Воскресения Христова длиной 1 арш. 1 вершок шириной 12 вершков…» и т.д.
И далее: «…пред образом живоначальной Троицы Лампада медная <…> с надписью Дал сию Лампаду в Муезерскую пустыню Архимандрит Геннадий Соловецкий 1751 г. февраля дня весу 4 фунта, перед образом Божьей Матери Лампадка медная <…> с надписью Муезерския Пустыни весу 4 фунта, пред Образом Воскресения Христова маленькая лампадка медная…».
Кроме этого описаны «стол крашенный с двумя ящиками», «фонари крашенный, стекольчатый», а вблизи церкви две деревянные часовни. В ризнице храма: «напрестольный крест медный, весу ¼ фунта, Евангелие напрестольное, старопечатное, неизвестно, когда и кем напечатано, обложено полууставом, а в средине Распятие медное, Евангелие напрестольное в парче старой вытертой в листе, издания 1694 г., печати Московской с 4мя наугольниками, в средине резной крест…». Из богослужебных книг церкви перечислены: «1. Часослов в 8ю долю печатан в Москве 1841 года в кожаном переплете (куплена на церковную сумму в 1849 году). 2. Псалтирь <…> без часослова, <…> напечатана в Москве 1778 года в кожаном переплете… 5. Требник в 4ю долю <…> (подарен неизвестными в 1852 г.)… 7. Общая Минея в лист печатана в Москве 1848 года, в переплете кожаном (куплена на церковную сумму 1852 г.)» и др.
В 1912 году единственным памятником Троицкой Муезерской пустыни был Никольский храм с чтимой иконой Святой и Живоначальной Троицы, которую вынесли во время пожара Троицкой церкви, а в храме – в два яруса иконостас с иконами древнего письма, медные лампады с надписями, сообщавшими об их пожертвовании архимандритом Соловецкой обители Геннадием в 1751 году. Другие свидетели минувших дней – крест из булыжного камня длиной десять вершков, шириной шесть вершков и вырезанными словами: «Царь Славы» и надписью: «Поставил сей крест первоначальный старец Геннадий 7081 (1573) году Августа 11 дня», два деревянных креста в шести саженях от часовни, один из которых с выпуклым изображением распятого Иисуса Христа и резными изображениями предстоящих Божьей Матери, Иоанна Богослова, жен Мироносиц и сотника Лонгина; «над распятым Сыном Божьим Скорбящий Бог Отец в лопе с Духом Святым, окруженный тремя серафимами. В подножии креста надпись: «Лета 7180 (1672) апреля 9 дня поставил сей крест старец Алексей Муезерской пустыни на поклонение православными крестьянами по своему обещанию». Второй крест содержал с резными буквами надпись: «Лета 7190 (1682) июля в 5 день поставил сей крест старец Алексей на поклонение православными крестьянами» и молитвословия: «Да воскреснет Бог и разыдутся врази Его, Кресту Твоему поклоняемся Владыко Крест всея вселенныя». Над входом в часовню резное изображение храма с шатровой главой и входной дверью с двумя окнами по бокам, что, предположительно, означало сгоревший Троицкий храм. Во второй часовне, находившейся в восьми саженях от церкви, под спудом покоились мощи преподобного Кассиана, основателя пустыни, а напротив часовни покоился последний старец Иларий, над могилой которого – плита со стершейся от времени надписью.
Из опубликованной в 1911 году статьи о Николаевской деревянной церкви Маслозерского прихода: «Церковь находится на ост. Муезерском (приписная к приходу с 1866 г.), на месте Муезерского монастыря, основанного преп. Кассианом, мощи которого почивают под спудом в часовне близ храма. Длина 7 ½ саж., ширина 2 1/3 саж. Прежде была галерея. Кругом церкви с трех сторон лавки, как и в алтаре. В паперти под потолками с южной стороны одно окно стекольчатое, а два слюдяные. В алтаре из трех окон два слюдяные, запирающиеся изнутри замками. Иконостас в два яруса. В алтаре каменная плита в 10 вершк. вышины… Пред иконою св. Троицы медная лампада 1718 г., дар архимандрита Геннадия. В паперти полуразвалившееся седалище настоятеля. На перилах крыльца 4 колокола, из которых один с иностранной надписью 1631 г. (Метрика 1887 г. № 137 – Краткое опис. в III, стр. 152. – Зверинский, т. III, № 2136)».
https://karjalanmu.ru/muezerskaya-cerkov-vo-imya-svyatitelya-i-chudotvorca-nikolaya/