Старинное село Старый Некоуз известно с XVI века, в грамоте угличского князя Дмитрия Жилки село упоминается 1521 годом. Считается, что название Некоуз произошло от слово “некуза” – низина.
В 1702 году село Некоуз было вотчиной Алексеевского монастыря, что в Угличе. В селе была деревянная церковь во имя Ильи Пророка, верх шатровый, длина 10 сажень (21,3 м), ширина пять сажень (10,6 м). В церкви три окошка, в них оконницы слюдяные. Колокольня шестиугольная, крыта тесом, в ней три колокола: большой колокол – четыре пуда (65,5 кг), в другом – тридцать восемь фунтов (17,2 кг), в третьем – восемнадцать фунтов (8,2 кг).
В селе Некауз был монастырский двор, на дворе хоромы, крыты тесом. У ворот сторожевая изба, стойла, сараи, поварня, три конюшни, вокруг двора забор. Церковная деревня к селу Некауз называлась «Козья борода» на реке Некауз. В ней проживали: поп, его отец – дьякон, три брата попа, второй поп с двумя братьями-дьячками, дьячок с братом, пономарь с детьми. По переписной книги 1678 года в селе 30 дворов, а людей в них 86 человек. А по переписной книги 1702 года, в селе 24 двора, а людей в них 69 человек.
Каменная церковь Троицы в Некаузе построена в 1790 году тщанием прихожан. Церковь поднята на высокий подклет, разделенный на множество кладовых, где купцы хранили товары. Рядом на бывшей базарной площади – кирпичная часовня с шатровой крышей.
Согласно списку населенных мест Ярославской губернии 1859-65 г.г., село Некоуз владельческое, при реке Некоуз, число дворов 100, 224 мужчин, 277 женщины. Церковь православная, училище, базары по вторникам, ярмарка, пять салотопных заводов.
Из справочника "Краткие сведения о монастырях и церквах Ярославской епархии", 1908 год: церковь каменная, с такой же колокольней и оградой, приходская. Престолов три: в холодной церкви – в честь Живоначальной Троицы, в теплой трапезе на правой стороне - в честь Казанской Божией Матери, а на левой стороне - в честь Святого Пророка Ильи. Три церковных дома для жительства двух священников и дьякона. Прихожан из села Некоуз 246 мужчин, 358 женщин. В приходе состоят селения: Ерохово, Усово, Пустосельцы, Прохорово, Максимовка, Нестерцово, Овсянниково, Рогозино, Копнино, Вахонино, Федосово, Большое Флорово, Мокеево, Иванчищево. В приходе двухклассное училище, женская церковно-приходская школа, открытая в 1905 году.
На протяжении столетий село было известно как старообрядческое. Значительное число жителей села были старообрядцами. Они имели свой молельный дом, свое старообрядческое кладбище.
В течение длительного времени село являлось центром Некоузской волости Мологского уезда. Здание Троицкой церкви в Некоузе было не только самым большим и красивым, но и самым дорогим в ближайших районах. Оно оценено более чем в два раза выше, чем обе соборные церкви города Мышкина, вместе взятые. Существует мнение, что при прокладке в XIX веке железнодорожной ветки от Рыбинска на Виндаву дорога должна была пройти через село Некоуз. Однако воспротивились некоузские землевладельцы не разрешили прокладку дороги по своим землям, и дорога прошла в четырёх километрах от села, вокзал расположился в местечке Харино. После образования Некоузского района в 1929 году постепенно у станции сформировался посёлок, который и стал районным центром и получил название Новый Некоуз. Селу Некоуз досталась приставка «старый». Самые красивые и богатые дома были вывезены в болотистые места на полустанок Харино. Постепенно туда перебрались и учреждения. В результате: умершее древнее село Некоуз и безликий новодел Новый Некоуз…