Первоначально небольшой деревянный храм во имя св. Пророка Божия Илии был сооружен в 1662 г. в селе Дубровицы, принадлежащем роду князей Голицыных. В 1690 г. в связи с возведением в Дубровицах нового храма церковь Пророка Илии была по повелению тогдашнего помещика Бориса Алексеевича Голицына перенесена в деревню Лемешово, находящуюся от Дубровиц в одной версте. В 1753 г. в место деревянной была построена каменная церковь из кирпича с белокаменными деталями в стиле барокко того же названия для кладбища. В начале 20 века храм был расширен пристройкой боковых приделов в честь иконы Божией Матери «Всех скорбящих Радость» и пр. Сергия Радонежского.
В 1922 г. на основании постановления ВЦИК из храма были изъяты серебреные ризы с икон, украшения из серебра общим весом 12 фунтов, «в помощь голодающим».
В 1937 году 14 октября на Бутовском полигоне НКВД был расстрелян настоятель храма священник Александр Агафонников, прославленный Архиерейским Собором РПЦ 2000 года как новомученик Российский в земле Подольской просиявший.
В 1941 году храм был закрыт «за ненадобностью». Были сожжены иконостасы и иконы.
С 1960-х годов бесхозное церковное здание постепенно разрушают, превращая в свалку мусора и отхожее место для прохожих.
Храм наиболее пострадал в период 1970-80-х годов, в результате чего к 1995 году храм превращается в одну из самых разрушенных церквей Подольского района.
8 октября 1995 года в руинах храма была отслужена первая Божественная Литургия.
26 сентября 1996 года начались ремонтные работы по возрождению храма. 20 апреля 1997года начались регулярные Богослужения, проходившие при любых условиях.
В 1999 году храм приобрел внешние очертания, сообразные своему историческому облику. В этом же году настоятелем Троицкого Собора г. Подольска протоиереем Александром Ганабой настоятелю Ильинской церкви были переданы документы для последующего представления в комиссию по канонизации святых на протоиерея Александра Агафонникова.
В 2001 году были построены иконостасы, киоты на основе творческой идеи протоиерея Петра Дынникова, по его дизайну обустроен внутренний интерьер храма. Архитектурные чертежи и декорные работы иконостасов выполнил К.Н. Гудков.
14 октября 2003 г., в год 250-летия храма, церковь освящена Митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием.
http://www.podolskoe.ru/lemeshovo/main.htm